La metodologia didattica dell’Università Telematica Pegaso prevede l’utilizzo di percorsi didattici costituiti da “learning objects” (unità di contenuto didattico), in cui molteplici strumenti agiscono in modo sinergico sul percorso di formazione ed apprendimento dello studente. Il discente, infatti, dispone:
• delle videolezioni registrate consultabili in qualsiasi momento;
• delle slide (arricchite da testi, tabelle, immagini, grafici) con riferimenti bibliografici e note commentate in audio dal docente;
• delle esercitazioni di autovalutazione (quiz simili a quelli degli esami scritti) per la verifica dello stato di apprendimento. 

Ogni studente partecipa alle attività della propria classe virtuale, coordinata da tutor esperti dei contenuti e formati agli aspetti tecnico-comunicativi della didattica on-line, e viene seguito dal titolare della disciplina che è responsabile della didattica. L’attività di guida/consulenza è svolta attraverso la creazione di spazi virtuali interattivi sincroni ed asincroni (forum, web conference, sessioni live, etc.) o, in caso di richieste di chiarimenti personalizzati, via e-mail.